Olika myndigheters uttag av stämpelavgifter kan bokföras på ett särskilt konto för kontroll-, provnings- och stämpelavgifter eller bokföras tillsammans med de utgifter som ärendet avser, t.ex. patent. Stämpel- och registreringsavgifter i samband med bildandet av ett företag, s.k. bolagsbildningskostnader, är inte skattemässigt avdragsgilla, varför hänsyn bör tas till detta redan vid valet av konto. Stämpelavgifter ska inte förväxlas med stämpelskatt.