Frågan om registreringens betydelse för avdragsrätt till ingående skatt prövades av Kammarrätten i Stockholm där domstolen hänvisade till bedömningen i Högsta förvaltningsdomstolens dom HFD 2021 ref. 52. I domen konstaterades att Skatteverket inte med retroaktiv verkan kan vägra avdrag för ingående skatt för de inköp som gjorts eftersom Skatteverket registrerat bolaget till mervärdesskatt. Skatteverket är av en annan uppfattning och har nu kommit med ett ställningstagande som utvecklar deras resonemang.

Sedan gammalt gäller att Skatteverket inte kan neka avdrag för ingående moms bara av den anledningen att någon utgående moms ännu inte har redovisats. Det är inte heller ett krav att en registrering ska ha funnits vid tidpunkten för den transaktion för vilken avdrag söks. Avdrag kan nekas av andra orsaker, t.ex. om den ingående skatten omfattas av avdragsbegränsning.

Registreringen i sig ger inte en garanterad rätt till avdrag. För att ett registrerat bolag ska ha avdragsrätt krävs att bolagets verksamhet ger rätt till avdrag.

Den avsiktsförklaring som lämnas till Skatteverket i samband med ansökan ska därför vara i god tro. Om ett bolag i fall av bedrägeri, missbruk eller genom att undanhålla information erhåller en registrering kan bolaget inte anses ha avdragsrätt eller rätt till registrering. Om en sökande lämnat uppgifter i god tro och erhållit en registrering ska den registrerade däremot kunna lita på Skatteverkets bedömning och att avdragsrätt ska föreligga om övriga villkor för avdragsrätt är uppfyllda.

Avdrag ska inte kunna nekas på grund av att Skatteverket vid ett senare tillfälle gör en annan bedömning av bolagets ekonomiska verksamhet. Det är den eller de verksamheter som framgår av anmälan som omfattas av bedömningen av ekonomisk verksamhet. Annan verksamhet som inte framgår av ansökan behöver inte omfattas av avdragsrätten.

Domen från HFD tar enligt Skatteverket enbart sikte på situationer när ett bolag i god tro blivit registrerat och där några utgående transaktioner inte skett. I sådana fall ska den registrerade inte kunna nekas avdrag enbart på grund av att Skatteverket gör en ny bedömning av bolagets rätt till registrering.