Den nya lagen delas in i 24 kapitel som i stor utsträckning följer direktivets avdelningsordning. Antalet paragrafer i den nya lagen är fler, eftersom flera bestämmelser som tidigare varit mer omfattande nu har delats upp i flera paragrafer. Dessutom inarbetas bestämmelser från tidigare speciallagar i den nya lagen. Det gäller bland annat lagen om särskilda ordningar för mervärdesskatt för distansförsäljning av varor och för tjänster som upphävs och vars bestämmelser flyttas över till den nya lagen.

Några centrala begrepp som införts eller ändrats för att vara förenliga med mervärdesskattedirektivet är:

• Begreppet skattskyldig har ersatts med beskattningsbar person och betalningsskyldig.
• Begreppet omsättning har ersatts med leverans av varor mot ersättning respektive tillhandahållande av tjänster mot ersättning.
• Jämkning av avdrag för ingående mervärdesskatt benämns i den nya lagen justering av avdrag för ingående mervärdesskatt, och jämkningshandling benämns i den nya lagen som justeringshandling.
• Begreppet utländsk beskattningsbar person samt definitionerna av export och verksamhet har helt tagits bort då dessa inte förekommer i direktivet.
• Reglerna gällande momsundantag för interna tjänster i grupper av exempelvis föreningar har omarbetats. Konkurrensrekvisitet som tidigare varit utformad som en schablonregel (”avser endast sådana tjänster som normalt inte tillhandahålls av någon annan utanför gruppen”) har nu ändrats till lydelsen enligt momsdirektivet (”förutsatt att undantaget inte kan befaras vålla snedvridning av konkurrensen”). Bestämmelsen om momsundantag för tjänster inom fristående grupper återfinns i 10 kap. 19 § i den nya lagen.

Införandet av den nya lagen innebär även ett antal följdändringar i andra lagar, där de mest omfattande ändringarna återfinns i skatteförfarandelagen och inkomstskattelagen.